Chính quyền Thực dân Tây Ban Nha đã bắt Diwa ngay sau khi Katipunan bị phát hiện vào tháng 8 năm 1896. Diwa bị bắt tại Betis, Bacolor, Pampanga và bị áp giải tới Manila. Ông bị giam ở Fort Santiago trong cùng một phòng giam với Teodoro Plata, người đã bị bắt trước ông. Chính quyền Thực dân Tây Ban Nha sau đó đã thực hiện một loạt các vụ hành quyết để dập tắt cuộc nổi dậy, kể cả José Rizal cũng bị xử tử bằng súng trường ngày 30 tháng 12 năm 1896 vì bị nghi ngờ là thủ lĩnh của phong trào.

Vào ngày 6 tháng 2 năm 1897, Teodoro Plata và những người khác bị xử tử tại cánh đồng Bagumbayan. Bốn ngày sau, Diwa bất ngờ được thả ra trong một cuộc trao đổi tù nhân giữa Chính quyền Thực dân Tây Ban Nha và các nhà Cách mạng người Philippines. Ông đã chạy trốn đến Cavite để gia nhập quân đội Cách mạng của Mariano Trías, nhưng toàn tỉnh đã bị bao vây và ông đã phải bí mật vượt qua kẻ thù. Sau khi gia nhập vào quân đội cách mạng, ông đã trở nên tích cực trong chiến đấu dưới quyền Leopoldo Garcia và đã có công trong việc khiến quân đội Tây Ban Nha phải đầu hàng. Do đó, Diwa được thăng Đại tá trong quân đội cách mạng. Khi nền Đệ nhất Cộng hòa Philippines được thành lập, ông được bầu làm Thống đốc dân sự đầu tiên của Cavite.